Das Handlungsfeld Gewässer umfasst sowohl Still- und Fließgewässer als auch Quellen. So unterschiedlich die Gewässer und  die in ihnen lebenden Artgemeinschaften sind, so gemeinsam ist ihnen, dass ihr ökologischer Zustand häufig verbesserungswürdig ist. Allgemeine Beeinträchtigungen entstehen durch die Einträge von Schadstoffen, Nährstoffen oder Sedimenten. In der Gruppe der Fließgewässer wirken sich Querbauwerke, die die ökologische Durchgängigkeit ver- oder behindern sowie Uferverbauungen zusätzlich negativ auf die Biodiversität aus. Quellen erleiden durch bauliche Einfassungen oder Trockenlegungen zum Zwecke der Flächenbewirtschaftung den Totalverlust ihrer Lebensraumfunktion.

Zahlreiche gesetzliche Regelungen schützen seit langem die Gewässer und die Wasserqualität. Im Jahr 2019 verhalf das erfolgreiche Volksbegehren „Artenvielfalt & Naturschönheiten in Bayern“  auch im Freistaat den als Pufferzonen wichtigen Gewässerrandstreifen zur gesetzlichen Verankerung. Überdies steht nach § 66 Bundesnaturschutzgesetz den Ländern ein Vorkaufsrecht für Grundstücke zu, auf denen sich oberirdische Gewässer befinden. Die Möglichkeiten eines solchen Eingriffs in das private Eigentum hebt die hohe Bedeutung der Gewässer für die Biodiversität im Allgemeinen und den Menschen im Speziellen hervor. Manche Ländergesetzgebungen erweitern die Vorkaufsoption noch auf untergeordnete Gebietskörperschaften (z.B. Landkreise, Kommunen).

Je nach Art des Gewässers sind die kommunalen Möglichkeiten zum Erhalt und zur Steigerung der Biodiversität unterschiedlich:

1. Entwicklung von Konzepten und Umsetzung von Maßnahmen zur Verbesserung des ökologischen Zustands der Fließgewässer in kommunaler Verantwortung. Bund und Länder bieten den Kommunen unterschiedliche Förderinstrumente, um die Ziele der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie zu erreichen.
2. Neuanlage, Aufwertung und Pflege von Tümpeln und Teichen auf geeigneten kommunalen Flurstücken
3. Ökologische Aufwertung und Pflege von dauerhaft oder temporär wasserführenden Gräben
4. Kartierung sowie Zustandsverbesserung oder Renaturierung von Quellen auf kommunalen Flurstücken
5. Aktiver kommunaler Einsatz für biodiversitätsorientierte Lösungen im Bibermanagement

Zu den Maßnahmen an kommunalen Gewässern oder auf kommunalen Flurstücken können Städte und Gemeinden mit Informationen und Beratungsvermittlung auch positiv auf private Gewässereigentümerinnen und -eigentümer einwirken.